Исса родился в 1763 г. в горной провинции Синано в семье зажиточного крестьянина Кобаяси Ягохея. Его мать умерла в молодом возрасте, а мачеха сделала все возможное, чтобы будущий поэт уже в четырнадцать лет навсегда покинул семью и уехал искать судьбы в Эдо (Токио). Перебрав там множество профессий, Исса нашел свое призвание в поэзии. Путешествуя по стране, он зарабатывал на жизнь составлением хайку и преподаванием поэзии. Когда ему исполнилось 39 лет, Исса вернулся в родное село, где застал тяжелобольного отца, за которым присматривал, пока тот не умер у него на руках. Трогательное отношение сына к своему отцу, философские раздумья поэта о человеческой жизни и окружающем миреу отобразились в лирическом дневнике Исса «Последние дни отца», который он написал в 1801 г.
После многочисленных судебных разбирательств и споров с мачехой и ее детьми поэт получил в конце концов свою часть родительского наследства и смог впервые вступить в брак, когда ему было уже 50 лет. Молодая жена родила ему четырех сыновей и дочь, но все они умерли еще в детском возрасте.
В скором времени умерла и жена поэта Кику, которую он очень любил и за которой грустил до самой смерти, хотя и был еще дважды женат и даже имел детей. Кроме лирического дневника «Последние дни отца» (1801), творческое наследие Исса составляют литературные эссе, дорожные заметки, книга прозы и стихов «Моя весна» («Ора-Гахару», 1819), а также почти двадцать тысяч хайку. Поэзия Исса привлекает читателей своей простотой, откровенностью и даже какой-то детской искренностью, за которыми кроются глубокие философские взгляды поэта на жизнь, человеческую судьбу, место и призвание людей в мире. Героями его стихов были не только люди, а и разнообразные животные, птицы, насекомые.
И этим его поэзия в определенной мере сближается с жанром басни, но без морали, присущей этому жанру. Возможно, именно поэтому Исса, как никто другой из японских поэтов, смог так поэтически, так образно и убедительно отобразить в своей поэзии один из главных философских постулатов дзен-буддизма — безусловное и органическое единство всего живого и сущего на земле.